GA黄金甲

　　近日，GA黄金甲(国度生物信息中心)马利娜副钻研员应Nature Reviews Molecular Cell Biology 约请，结合章张钻研员，颁发题为“The contribution of databases towards understanding the universe of long non-coding RNAs”的评述，系统总结了长非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）数据库的类型及特点，会商生物数据库在lncRNA钻研的机缘和挑战中将若何阐扬作用。

　　LncRNA是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，没有蛋白编码能力或蛋白编码能力有限。LncRNA普遍存在于动植物中，其在人类中的数量甚至超过了蛋白编码基因，在疾病、稳态平衡、应激反映中阐扬至关沉要的调节作用。随着lncRNA的宽泛钻研和有关组学数据的迅快堆集，愈发必要全面网络lncRNA并提供高质量注解，以及全面相识lncRNA与各类疾病、性状和表型的关联，推进对lncRNA职能的系统钻研。近年来，lncRNA有关数据库不休发展壮大，截至本评述文章撰写之时，作者网络了130余个lncRNA专题或以lncRNA为重要钻研对象的生物数据库，划分为“鉴定与整合”、“组学特点解析”、“知识关联”三个重要类型。

　　“鉴定与整合”类型的数据库为钻研lncRNA的多样性和生物学职能提供最为基础的序列和基因组注解信息，蕴含GENCODE、CHESS、FANTOM CAT、MiTranscriptome、NONCODE、LncBook、RNAcentral等数据库。其中人类lncRNA的鉴定和数据整合是钻研沉点，国内表已有10余个有关数据库。由于鉴定尺度、测序规划、样本的分歧， lncRNA数据集之间存在较大差距，并且随着分歧物种中lncRNA的大规模鉴定，lncRNA的比力与整合将成为基因组学钻研中的基础环节，火急必要构建流程化和自动化的整合工具，以为各项钻研提供全面和高质量的lncRNA数据集。

　　另一方面，lncRNA被称为基因组中的“暗物质”，大部门lncRNA拥有生物学职能还是仅为“转录噪音”仍是一个存在争议的话题。“组学特点解析”数据库提供丰硕多样的分子特点如动态表白、相互作用、基因组变异、表观遗传建饰、编码幼肽、表白数量性状基因座等，为挖掘拥有潜在生物学职能的lncRNA并相识其调控机造提供数据参考。代表数据库蕴含TANRIC、LncExpDB、starBase/ENCORI、NPInter、DIANA-LncBase、LncBook、LncSEA等。鉴于目前仅有极幼一部门lncRNA的职能被钻研，且其重要调控机造尚不明显，仍需对lncRNA的组学特点进行系统深刻的刻画与解析。

　　随着越来越多的lncRNA被尝试钻研，lncRNA有关知识逐步堆集，产生了LncRNADisease、Lnc2Cancer、LncRNAWiki、EVLncRNAs等数据库或知识库。这些库重要通过文件审编获得lncRNA与分歧疾病、性状和表型的关联，注解有关调控机造、靶基因、代谢通路、生物学过程等，推进对lncRNA职能的系吐渌解，并为lncRNA生物学职能预测提供数据。然而由于尺度不统一、定名不规范等， lncRNA的名称、基因结构、编码性质存在分歧版本和变动，严沉故障了lncRNA的数据审编和职能钻研Ｋ伎嫉絣ncRNA与部门信使RNA（mRNA）拥有类似的分子特点，并且一个基因可能同时编码蛋白编码和非编码转录本，在基因层面进行严格分类将会引发lncRNA职能钻研的诸多问题，有必要发展新的基因分类和定名步骤。

　　LncRNA是继mRNA后的另一大类RNA分子，调控人类健全与疾病，是将来临床检测医治和药物研发的新靶点，是人类物种个性钻研的关键对象。然而其数量重大、种类复杂、职能多样，以及普遍特异性强、表白量低的个性，为深刻钻研带来极大挑战。数据库在数据审编与挖掘方面，需成立统一的lncRNA鉴定、表征和关联钻研的尺度和步骤，以构建齐全的lncRNA钻研系统。国度生物信息中心将持续美满lncRNA数据资源系统，推动人类基因组的全面注解和解析。

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