GA黄金甲

甘蔗（Saccharum spp.）是沉要的经济作物
，贡献了全球约80%的食糖和40%的乙醇产量
，但因其基因组高度复杂（多倍体、高杂合性及非整倍体）
，且遗传布景狭幼
，严沉造约了基因职能解析与育种发展。近年来
，甘蔗遗传学钻研获得显著进展
，亟需一个整合多维组学数据的资源平台
，支持提高其科研与育种利用的效能。

2025年8月
，国度生物信息中心颁布甘蔗多组学数据整合伙源平台SugarcaneOmics
，旨在为全球甘蔗钻研者提供一站式多组学数据查问、分析与可视化服务
，支持甘蔗职能基因组学钻研及分子育种
，助力开启甘蔗"组学驱动育种"新时期。该钻研成就以"SugarcaneOmics: An integrative multi-omics platform for sugarcane research"为题在Plant Communications?期刊在线颁发。

SugarcaneOmics平台突破传统单组学分析壁垒
，整合了甘蔗及其近缘属种的基因组、转录组、变异组、特点基因、种质资源等五大主题数据？。在基因组？
，汇集了蕴含甘蔗、蔗茅、芒及高粱在内的多个物种染色体级此外基因组组装
，并提供了全面的基因职能注解和泛基因组了局查问。在转录组？
，该平台基于尺度化的转录组定量流程
，刻画了1256个甘蔗样本（涵盖14种组织和6个发育阶段）的全景式基因表白图谱
，初次实现甘蔗全生育期基因调控网络的系统性解码。用户可检索指标基因在分歧组织、发育时期及多各种质群体中的表白模式
，获取分歧处置前提下的差距表白信息。在变异组？
，SugarcaneOmics 鉴定了来自322份甘蔗种质的约莫1.45亿个单核苷酸多态性（SNPs）和3000万个短插入/缺失（InDels）
，构建了目前为止全球最大的甘蔗群体遗传变异图谱库
，并支持选择断根信号的可视化
，为破解甘蔗复杂种群动态汗青和驯化育种布景难题提供关键支持。特点基因？
，则系统注解了甘蔗转录因子家族
，并通过文件审编和比力基因组学步骤鉴定了参加关键农艺性状调控网络的候选职能基因
，为甘蔗基因职能钻研提供线索。在种质资源？
，平台还整合了1096 份甘蔗种质的育种信息和根基统计数据
，以支掣髦质筛选。

此表
，SugarcaneOmics 还搭载 CRISPR脱靶预测、引物设计、蛋白互作网络分析、BLAST、序列提取、基因组浏览器和GO/KEGG富集分析等七大高效易用的在线工具
，显著提升了数据挖掘与职能钻研的效能
，为甘蔗“两高三抗”育种指标提供候选基因筛选和育种靶点筛查能力。该平台通过一体化、交互式的多组学数据与工具集成
，预期能为甘蔗遗传学及育种钻研提供基础数据支持和全新的观察视角。

国度生物信息中心数据资源部工程师罗洪、白雪及硕士钻研生吴子珊为本文共同第一作者
，田东梅高级工程师和宋述慧钻研员为共同通讯作者。“优质甘蔗新种类造就”先导专项总工程师、GA黄金甲微生物钻研所张杰钻研员对文章提供了领导和建议。该钻研得到了GA黄金甲前瞻战术科技先导专项等赞助。

论文链接

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