GA黄金甲

家犬是天然界中种内遗传多样性最为丰硕的物种之一，也是钻研人类遗传性疾病的沉要动物模型。近年来，犬类基因组、转录组、表观基因组、表型组等组学数据的急剧堆集为犬类驯化过程、行为模式、状态发育等方面的钻研提供了贵重数据基础。iDog致力于为犬科钻研有关的科研人员提供全面的数据服务和在线分析工具，自2019年颁布以来，iDog被宽泛利用于犬类职能基因组学钻研，在犬类疾病和群体遗传等领域阐扬了沉要作用。

11月11日，国度生物信息中心赵文化团队与昆明动物钻研所副钻研员柳延虎地点团队合作，以"iDog: a multi-omics resource for canids study"为题在Nucleic Acids Research?期刊颁发论文，颁布犬科动物多组学资源库iDog 2.0，提供了越发全面的多组学数据资源及越发丰硕的在线分析工具，为全球犬类钻研者提供更高质量的数据服务。

iDog 2.0全面整合分析了犬类多组学数据资源。在基因组变异层面，iDog 2.0网络了来自1,929个现代样本的2 955万个单核苷酸多态性（SNPs）和1 654万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代样本的2 909万个SNPs，同时iDog 2.0鉴定并整合了43,487个特定种类的SNPs和530个与疾病/性状有关的变异，为全球犬类钻研提供了贵重的遗传信息。在基因表白层面，平台整合分析了来自2,947个样本的基因表白情况，提供涉及分歧犬类种类和组织的基因表白图景和分歧犬类疾病的差距基因表白信息，平台还提供了105,057个比格犬海马体细胞的单细胞转录组数据。在表观基因组学层面，iDog 2.0提供了来自547个样本的DNA甲基化信息，以及来自87个样本的染色质可及性信息，为分析犬类基因表白调控提供支持。此表，iDog 2.0提供了897个犬类疾病的表型数据、3,207个基因型-表型对以及与犬类疾病关联的349个基因信息，并构建了犬类种类本体和犬类疾病本体，以实现种类和疾病尺度化。iDog 2.0还提供了13种在线分析工具，蕴含基于检索加强天生的问答工具（DogRAG）和基于图像的种类分类工具（DogVC）等，为犬类钻研者提供方便。

国度生物信息中心唐碧霞高级工程师和赵文化正高级工程师为该论文共同通讯作者，昆明动物所副钻研员柳延虎、国度生物信息中心博士钻研生王钇博、硕士钻研生孙佳尼、硕士钻研生孔德冕及昆明动物所周博闻助理钻研员为本文共同第一作者。本工作得到国度天然科学基金、GA黄金甲先导专项和春城打算等基金项目赞助。

iDog2.0数据内容与组织结构展示

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