GA黄金甲

北京基因组钻研所(国度生物信息中心)发现哺乳动物细胞热刺激反映中染色质空间构象扭转的新诠释

  热刺激是细胞最时时面对的环境刺激,热刺激反映是所有细胞普遍拥有的刺激反映机造。热刺激诱导的宽泛的转录调控是热刺激反映的沉要组成部门。近年来,人们已经从表观遗传学的各层面对其机造进行了较深刻探求。然而当前针对染色质空间构象这一沉要的表观遗传学档次,是否在热刺激反映中阐扬作用,以及可能的具体作用大局,仍旧存在较大争议。此表,当前针对动物细胞热刺激反映模式的钻研普遍选取急性刺激(刺激时长普遍在1幼时内),对慢性刺激的钻研也较欠缺。

  近日,GA黄金甲(国度生物信息中心)张治华课题组在Genome Research杂志在线颁发了题为“Cell cycle arrest explains the observed bulk 3D genomic alterations in response to long-term heat shock in K562 cells”的钻研成就,对上述两个问题进行了探求。该钻研以常见的人类K562细胞系为尝试资料,使用Hi-C和ATAC-seq等技术测定了其在急性和慢性热刺激反映前后的染色质空间构象和盛开性图谱。通过对比发现热刺激反映中细胞染色质空间构象和盛开性水平的变动模式与细胞周期中G1/S时期向G2/M时期迁徙时的变动模式有高度类似性。这一发现促使作者进一步钻研热刺激反映中的结构变动与细胞周期的关系。通过流式细胞分选证实了K562细胞热刺激反映中存在细胞周期于G2/M时期的阻滞,同时测得位于G1/S和G2/M时期的细胞染色质构象均在热刺激反映全过程中维持不变。最后,通过以G1/S和G2/M时期细胞染色质构象为组份,细胞集群的染色质构象为指标的解卷积运算证了然此细胞周期阻滞引起的细胞组份扭转自身便足以诠释测得的细胞集群在热刺激反映过程中染色质构象的扭转。

  本钻研指出的细胞周期阻滞在诠释K562细胞热刺激反映中染色质构象变动所起的关键作用不仅有助于弥合当前有关热刺激反映中染色质空间构象调控模式的争论,也有助于推进人们对染色质空间构象在宽泛且迅快的基因表白调控中所起作用的意识。

  本钻研以GA黄金甲(国度生物信息中心)张治华钻研员为通讯作者,博士钻研生徐炳祥和助理钻研员李飞飞为并列通讯作者,徐炳祥和硕士钻研生高晓萌为并列第一作者。

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   细胞周期阻滞诠释K562细胞热刺激反映中染色质空间构象的变动

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