基因组所开发实现DNA甲基化沉编程数据库
DNA甲基化是一个沉要的表观遗传象征,在胚胎早期发育过程中起到至关沉要的作用,分歧物种所选取的机造亦各不一样。因而,整合多个物种的海量甲基化数据并提供在线的数据浏览、获取及其职能分析,可援手更多钻研人员深刻探析分歧物种在早期发育时期的DNA甲基化差距,并揭示其DNA甲基化沉编程过程与机造。
中科院北京基因组所基因组科学与信息沉点尝试室章张钻研组、刘江钻研组以及所级中心信息室组成的开发团队,在钻研所高机能推算平台和大数据存储平台的有力支持下,共同开发实现“基于高通量测序的单碱基精度DNA甲基化沉编程数据库MethBank”,该成就于2014年10月在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research在线颁发。
MethBank是面向多种模式生物配子和早期胚胎多个分歧发育时期的DNA甲基化组沉编程数据库,整合的数据蕴含甲基化水平、差距甲基化区域、CpG岛甲基化水平等,全数是全基因组单碱基精度的DNA甲基化数据,且集成了其它蕴含基因表白信息、SNP信息等在内的有关组学数据信息。此表,MethBank提供一个支持多组学数据的交互式甲基化浏览器,可能高分辨度的实现DNA甲基化图谱以及其它有关数据的可视化。
MethBank现今整合集成了斑马鱼和幼鼠各自9个分歧发育时期的全基因组单碱基精度DNA甲基化数据,每个时期蕴含全基因组约90%CG位点的甲基化信息,且对应的数据库表存有上千万笔纪录,数据库存储大幼别离为15G和9G。MethBank的开发成立实现了海量甲基化大数据的整合与可视化,为后续其它多个物种的大数据整合提供了流程步骤和数据平台。
该项钻研得到了GA黄金甲、科技部和国度天然科学基金委的赞助。

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