GPB 2014年第2期Ribogenomics专刊内容简介
2014年第2期Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）为Ribogenomics专刊，由本刊主编于军博士亲自担任Guest editor。RNA是遗传信息传递过程中的桥梁，能够说性命起源于RNA，对RNA世界的深刻钻研，将援手我们更好地理解生物基因组的复杂性和性命过程中的相互作用关系，造福人类。本期大部门为约请来稿，共颁发文章6篇，蕴含1篇短评、2篇综述、2篇钻研性文章和1篇利用注明。
RNA在生物产生分子机造中起沉要作用，是生物学钻研的沉要领域，Ribogenomics就是钻研各类RNAs（mRNA; tRNA; rRNA; miRNA; sRNA等）生物学个性的学科，蕴含钻研它们的发源、产生、结构和职能。在本刊主编于军博士的领导下，我所吴佳研博士等对近年来的Ribogenomics钻研颁发了简短评论，凭据信息和操作两条线索描述了RNA在分歧档次上的钻研情况，极度全面，对入门者和感兴致人员相识能力域提供了很好的援手，对能力域钻研者进一步钻研也起到了很好的领导作用。
植物中的sRNAs长短编码RNAs的沉要组成部门，在植物发育、环境应答等多种根基的生物学过程中起调节作用，重要蕴含miRNAs和siRNAs（ta-siRNAs、ra-siRNAs和nat-siRNAs等），很多sRNAs在基因组中出现荟萃散布。王秀杰博士（中科院遗传发育所）等重要就sRNAs荟萃散布的特点和职能进行了综述，不仅提供了植物sRNA簇的分析全图，同时还阐了然其在鉴别新的职能型sRNAs中的作用，为植物sRNAs钻研提供了有力参考。
RNA-蛋白质间的相互作用影响着很多生物学过程，鉴定RNA结合蛋白（RNA-binding proteins, RBPs）的结合位点是此类钻研的底子和沉点，目前有两种重要的化学交联步骤（UV和酶）可用于RNA-RBPs相互作用的全基因组图谱钻研。伊成器博士（北大）等就这两种步骤的技术自身及其利用情况进行了比力，可援手读者更好地相识这两种步骤，并但愿在此基础上坦荡宽大钻研者的思路，开创钻研RNA-RBPs相互作用的新步骤。
骨髓性白血病的产生被以为与miRNA有关，人们已经对人类急性髓性白血。╝cute myeloid leukemia, AML）和慢性髓性白血。╟hronic myeloid leukemia, CML）的几株细胞系的miRNA组学进行了深刻钻研，发现了一些显著的有关性。在我所胡松年、方向东博士的领导下，熊倩、杨亚东等对人类白血病的子类型及产生发展等情况发展了进一步的钻研，通过对职能的验证，以为某些miRNA可能是领导该类疾病临床诊断、预测和医治的有效指标。
自关症谱系阻碍（Autism spectrum disorder, ASD）被以为是由于儿童时期神经系统发育失调导致的阻碍，是一种多基因疾病。钻研批注，miRNAs在神经系统产生、脑发育和分化过程中起沉要的调节作用，可通过与存在于指标mRNAs非翻译区（3’untranslated region, 3’UTR）的miRNA鉴别元件（miRNA recognition elements, MREs）结合来抑造翻译过程，3’UTR的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）对MREs的影响也已有所钻研。Arasambattu Kannan Munirajan博士（印度马德拉斯大学）等以为可能是由于SNPs的产生侵扰了miRNA介导的基因调控，从而导致了ASD的产生。他们结合现罕见据库信息，通过推算学步骤验证了该如果，为将来进一步的职能钻研提供了颇有价值的理论凭据。
真核生物mRNA选择性剪接（alternative splicing, AS）的扭转可影响基因职能的表白或导致疾病的产生。随着技术的进取，高通量RNA测序技术目前是AS转录组分析的有力工具，而RT-PCR依然是表显子拼接水平进行定量分析的黄金尺度步骤。本刊编委Yi Xing博士（加州大学洛杉矶分校）等在结合这两种步骤的基础上开发了一种新的软件——PrimerSeq，以用于系统性进行引物设计并提供RNA序列数据及转录注解等的可视化展示。该法式能在本地推算机上独立运行，通过添补高通量RNA测序技术和RT-PCR步骤进行AS验证这两种步骤间的空缺，很好地援手钻研者们提高工作效能，可从http://primerseq.sourceforge.net/免费使用。
以上文章全文可在GPB主页或ScienceDirect数据库中浏览下载，迎接各人阅读、引用。
另表，GPB将在今年10月出版“Translational Omics”的专刊，由本刊副主编方向东博士和本刊编委Andreas Keller博士共同担任Guest editors，迎接各人积极投稿，详情请查看本期的Call for paper。
附：本期目录
Essay
Ribogenomics: the Science and Knowledge of RNA
Review
Endogenous Small RNA Clusters in Plants
Genome-wide Mapping of Cellular Protein?RNA Interactions Enabled by Chemical Crosslinking
Original Research
Characterization of miRNomes in Acute and Chronic Myeloid Leukemia Cell Lines
Mining the 3’UTR of Autism-implicated Genes for SNPs Perturbing MicroRNA Regulation
Application Note
PrimerSeq: Design and Visualization of RT-PCR Primers for Alternative Splicing Using RNA-seq Data
