GA黄金甲

——迈出海量生物数据的绿色推算之路

11月8日，由中科院北京基因组钻研所承担的中科院仪器设备职能开发技术创新项目——《高通量核酸序列比对分析专用机开发》现场测试会在基因组所召开。自动化所王宇心高级工程师、植物所郭亚龙钻研员和遗传发育所梁承志钻研员组成专家测试组，在区域中心杜承航博士的全程领导监督下，对该项目专用机进行了全程测试、分析和验收；蜃樗彼だ羁⌒邸⒆暄性甭姥┟贰⑺吨行牧枭倨降瘸鱿馐曰岵⒔邢殖〔馐。

会上，李俊雄首先向专家组成员介绍了该项主张有关布景及整体情况，并对各位专家评委的到来暗示迎接。凌少平对项目进度、项目优势等作了简要介绍，并携带研发幼组完玉成数测试工作。经过将近三幼时的测试和评审，专家测试组不仅认证了该仪器的机能，还高度评价了基因组所研发团队的合作及攻关切灵，并且呼吁应对拥有自主知识产权的技术研发赐与大力支持。

随着基因组高通量测序技术的飞快发展，生物数据量的不休激增，海量生物数据分析在生物医学领域面对着前所未有的挑战。使用已有算法已很难满足现有快率要求，并成为故障基因组学发展和利用的技术瓶颈；另一方面，好多软件算法对推算网络存储需要量大且能耗较高，推算资源耗资巨大。目前以CPU 为主题的推算构架提升空间有限，亟需索求新的绿色推算战术。针对这一问题，中科院北京基因组钻研所于2010年，由院“引进卓越技术人才”吕雪梅钻研员牵头、结合钻研所所级中心生物信息分析部凌少平等沉测序幼组骨干成员组成研发团队，与中科院软件所合作，发展海量生物数据的绿色推算研发。该项目得到基因组所高度器沉和经费支持，并获得了GA黄金甲仪器设备职能开发技术创新项主张赞助。经过两年多的攻关和致力，项目获得阶段性成就。

这次研发的高通量核酸序列比对分析专用机（CASmap）支持高通量测序各类数据利用类型（基因组、表显子组和转录组）并拥有丰硕的参数设置。测试数据显示一台CASmap能满足～200Gbp/天的数据比对处置，是目前最快且职能完整的高精度、低能耗的序列比对系统。CASmap的产生批注中科院北京基因组地点仪器设备职能开发技术上又迈进了一大步，正如李俊雄副所长指出：CASmap对基因组钻研和个别化医疗的发展都有着深远意思。

李俊雄副所长讲话

高通量核酸序列比对分析专用机（CASmap）

测试现场

专家评审