基因组蛋白质组与生物信息学报2012年第2期内容简介
从2012年第2期起头 ，Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）所有接受稿件均可在ScienceDirect数据库的Article-in –Press板块提前浏览。
本期GPB共颁发7篇文章 ，蕴含1篇评论、1篇综述、4篇钻研性文章和1篇步骤。
本刊主编于军钻研员就其十五年来关于基因组转录方面的钻研成就颁发了简短评论 ，对一些问题进行了更深刻的思虑 ，并对一些传统概想提出了新的挑战。例如：我们将若何评价分歧物种所阐发出的不一样的以转录为中心的遗传突变？
全基因组序列分析是生物信息学和推算生物学钻研的基础 ，Bilal Wajid等人对从前数十年Genome Assembler的钻研工作进行了总结 ，对二代测序技术Genome Assembler的通常算法特点进行了综述 ，为入门者和感兴致人员相识能力域提供了很好的援手。
在我所于军钻研员和胡松年钻研员的领导下 ，崔鹏、刘万飞、赵宇慧等人对三甲基化组蛋白H3赖氨酸4（H3K4me3）进行了钻研。其中一篇文章利用ChIP-Seq、RNA-Seq分析技术 ，绘造了幼鼠大脑和睾丸组织中H3K4me3和H3K27me3的基因组图谱 ，并进行了比力分析。钻研发现 ，该基因建饰与组织特异性表白、职能和发育亲昵有关。了局显示 ，H3K4me3和H3K27me3很少呈此刻寡言基因中；并且 ，蕴含了H3K4me3和H3K27me3的二价染色体域在两种组织中均无处不在 ，而这些二价染色体域更偏差于以“赢者通吃”的方式来调节有关基因的表白。同时 ，在幼鼠的胚胎干细胞中也证实了上述结论。另一篇文章钻研了H3K4me3与反义转录的关系。通过度析幼鼠大脑和睾丸组织数据发现 ，H3K4me3在正义基因的3′ 端有显著富集 ，被称为3′-H3K4me3 ，两种组织中3′-H3K4me3均与约莫15%的蛋白编码基因有关。通过对转录肇始信号的钻研发现 ，3′-H3K4me3与反义转录的肇始有关 ，且3′-H3K4me3建饰水平与有关正义基因的反义表白水平是正有关的。这揭示 ，H3K4me3可能参加反义转录的调节。同时 ，通过对人类、果蝇和拟南芥的钻研揣摩 ，3′-H3K4me3区域可能是作为反义转录的潜在启动子在阐扬作用 ，3′-H3K4me3可能是真核生物中普遍存在的一个沉要组成部门。
幼麦白粉病是由于习染白粉病菌引起的 ，是一种世界性病害 ，可导致幼麦产量受到巨大损失。为了援手解决这一世界难题 ，本刊编委王向峰教员与中国农业大学孙其信、解超杰教员等人合作 ，进行了转录组的比力钻研。他们通过基因芯片分析 ，比力了两种分歧基因型的幼麦（易赣注抗。┒园追鄄【叭厩凹跋叭竞蠓制绻Ψ蛞镀淖甲 ，以钻研影响幼麦对白粉病菌习染做出应答的基因和信号通路。了局批注 ，抗白粉病是一种由大量基因参加调控的极端复杂的系统反映。
水牛是一种草食反刍六畜 ，合适水田耕作 ，常以役用为主 ，但目前越来越多的国度和地域正致力将水牛转为乳用或肉用。其中 ，印度55%的牛奶都来自水牛奶 ，拥有极度沉要的利用价值。目前 ，水牛的全基因组序列信息尚需美满 ，Jakhesara等人利用水牛肌肉组织起源的cDNA作为探针 ，从其基因组中捕获Tissue Specific Temporal（TST）表显子 ，并选取454技术进行测序钻研 ，以揭示该物种的肌肉组织特异性基因和单核苷酸多态性。了局显示 ，用该步骤检测到的39,697个SNPs中 ，48.98%位于基因间区域 ，34%位于内含子区域 ，发现仅有1.2%是在之前已经报路过的 ，且均为同义代替。这就为钻研尚未完玉成基因组测序物种的编码序列变异情况 ，提供了新的战术。
非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）在转录水平调节基因表白方面起到很沉要的作用 ，但仍有很多ncRNA有待进一步被发现 ，它们的职能也有待进一步被揭示。而ncRNA没有蛋白编码RNA所拥有的肇始密码和终止密码 ，寻找它们并不是一件容易的事。Michael Bao等人在结合sequence motifs和structural parameters这两种通例步骤的基础上 ，研发了一种基于ab initio的寻找基因组序列中ncRNA的新步骤——ncRNAscout ，该步骤蕴含丈量序列频率、序列结构不变性和某一特定序列频率三部门。与类似的smyRNA步骤相比 ，该步骤由于参与了最幼自由能t-scores和SVP值这两个参数 ，因而能更精确地定位基因组中的ncRNA序列。该工具可在http://bioinformatics.njit.edu/ncRNAscout使用。
本期文章全文可在ScienceDirect数据库（www.sciencedirect.com/science/journal/16720229）或GPB主页（http://www.elsevier.com/locate/gpb）中浏览下载 ，迎接各人阅读、引用。
附：本期目录
Commentary
Challenges to the common dogma
Review
Review of general algorithmic features for genome assemblers for next generation sequencers
Articles
The association between H3K4me3 and antisense transcription
Comparative analyses of H3K4 and H3K27 trimethylations between the mouse cerebrum and testis
Transcriptome comparison of susceptible and resistant wheat in response to powdery mildew infection
Tissue-specific temporal exome capture revealed muscle-specific genes and SNPs in Indian Buffalo (Bubalus bubalis)
Method
Searching for non-coding RNAs in genomic sequences using ncRNAscout
