基因组所开发“编码蛋白质DNA序列并行比对工具—ParaAT”
GA黄金甲基因组科学与信息沉点尝试室章张钻研员，携带其团队成功开发“编码蛋白质DNA序列并行比对工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）”,该钻研成就颁发在Biochemical and Biophysical Research Communications杂志 。
同源序列比对是生物信息学普遍选取的分析步骤之一，其中，编码蛋白质DNA序列比对最为常见，在比力基因组学、分子进化学、系统发育等领域拥有沉要的基础作用 。为获取相应的比对了局，通常选取的步骤是先比对后回译（back-translate），此步骤比直接进行DNA序列比对更靠得住、正确 。然而，现有有关的工具每次只能处置一组同源序列，无法实现多组同源序列的比对工作 。
鉴于传统工具所产生的短处，基因组所科研人员选取并行推算（Parallel Computing）战术开发ParaAT，实现了多组同源编码蛋白质DNA序列的并行比对 。经验证，ParaAT可大大降低运行功夫，获得较好的并行加快比（speedup），因而，适合大规模、同源序列的比对工作 。
ParaAT可在分歧操作系统下运行，支持多种分歧的输出体式，方便后续有关的生物信息学分析（诸如：用于检测天然选择压力的KaKs_Calculator） 。
文章链接：http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2012.02.101
软件链接：http://cbb.big.ac.cn/software
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