基因组所成功开发RNA在线处置平台“wapRNA”并颁发有关论文
近期,由GA黄金甲胡松年钻研员、宋述慧副钻研员和生物信息平台掌管人赵文化等共同组织构建的RNA在线处置平台“wapRNA”成功上线,有关论文在国际期刊《Bioinformatics》上颁发。
随着基因组测序技术的飞快发展,越来越多的科学家想通过钻研RNA分子(mRNA和miRNA)的表白变动来索求生物学问题、揭示性命过程和相识疾病产生等。然而,由第二代测序技术产出的海量数据拥有更高的软硬件要求,好比大型推算机、海量存储、专业的推算机守护人员、适应新数据要求的数据处置软件、专门的数据分析人员等,这给传统的生物科学家带来了新的机缘和挑战。
为相识决传统科学家在海量数据处置方面面对的问题,基因组所科研人怨仉对分歧的第二代测序技术(重要有SOLiD和Solexa)和分歧的钻研对象(mRNA和miRNA)开发了基于网站的RNA在线处置平台wapRNA。该平台提供了一套齐全的工具,能够使传统科学家通过在网站上单一的选择来实现从RNA原始数据(rawdata)处置到获得最终了局等一系列数据处置过程,同时还提供了可供用户下载的每一步数据处置过程了局及统计图表信息。此表,研发人员还集成了一些常用的职能分析?,好比基因差距表白分析(DEGseq)、代谢通路分析(KEGG)、Gene Ontology 分析(Go)和miRNA靶基因预测(Target prediction)等,以及能够在本地执行的法式包,能够让各人方便的在本地推算机上装置使用。
文章链接:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/21/3076
网站链接:http://waprna.big.ac.cn

知识介绍:
RNA作为三个重要的生物大分子之一,是相识生物成长、发育、疾病等沉要性命过程的关键物质。RNA重要分为两类,一类是messenger RNA(mRNA),利用自身携带的遗传信息来领导蛋白质的合成;另一类则是通过催化生物反映、节造基因表白、影响染色体结构等来实现自己的职能,这类RNA中钻研比力深刻和宽泛的是microRNA(miRNA),它通过与mRNA相结合抑造或者降解靶mRNA来实现转录后调控。






