基因组所“隆线溞孤雌生殖状态基因表白谱钻延妆获新进展
2009年6月，中科院北京基因组钻研所基因组科学及信息沉点尝试室与华东师范大学性命科学学院合作的钻研成就，“Analysis and comparison of a set of expressed sequence tags of the parthenogenetic water flea Daphnia carinata” 论文在《Molecular Genetics and Genomics》杂志上颁发。
隆线溞从属节肢动物门(Arthropoda)、甲壳纲(Crustacea)、鳃足亚纲(Branchiopoda)、双甲目(Diplostraca)、枝角亚目(Cladocera)、溞科、溞属 。隆线溞有两种分歧的生殖方式：孤雌生殖(单性生殖)与两性生殖。当表界前提比力合合时，枝角类就行孤雌生殖。在环境前提恶化时，枝角类就行两性生殖，这时种群中不仅有雌体，同时还出现雄体，二者随即交配。两种生殖方式的交替，是枝角类对表界环境的一种特殊适应，孤雌生殖在有利环境下充分利用了前提，而两性生殖在不利环境下保障了种的生计与陆续性。枝角类不只生殖方式特殊，还是一类沉要的水生经济动物。它拥有较高的蛋白质含量(占干沉的40 % - 60 % )，还含有水产经济类动物鱼、虾、蟹等成长发育所必须的氨基酸、维生素及钙质，是出产上极度梦想的活体饵料，其产量与渔业出产关系亲昵。
科研人员对样品随机测序（5′端）3072条，一共得到3,040条高质量的EST序列，并最终得到1,495条unique sequences（465条contigs和1,030条singletons）。通过与公共数据库内的序列进行比对，总共注解了959个（64%）基因。通过基因表白丰度和职能分析（重要是GO和KEGG），对其基因表白谱特点有了全面的意识。其中与生殖和胚胎发育有关的基因共鉴定到57个基因，其中VTN和VTG基因所占比沉较高；发现了生殖特异性表白的基因如ubulin alpha chain；另表检测到一些化学感应基因（CSP）和热激蛋白（HSP）基因。揣摩这些亲昵感触环境变动的基因在孤雌生殖中起到沉要的作用，为以来克隆其全长基因序列并钻研职能奠定了基础。
通过与近缘物种蚤状溞（Daphnia pulex）基因组序列的比对，比对之后得到1,283条（86%）unique sequences与其基因组有较高的类似性。其中1,158条比对到基因的编码区域，另表有125条序列比对到基因间区或者内含子区。这些了局从侧面反映了水溞近缘种间（D. pulex和D. carinata）基因组序劣注表白水平上的差距，为后续的比力基因组学分析提供了有力的支持。
全文链接:
http://springerlink.com/content/k511t12l3153m235/?p=5431800b587b4a9e9058f6983da827f0&pi=0
北京基因组钻研所
2009年6月11日
